В структуру систем электронного документооборота, обычно, входят следующие модули, а именно: 
- модуль согласования электронных документов;
- начальная регистрация всех входящих документов и тщательный контроль исполнения;
- подробный журнал регистрации исходящих документов;
- электронный архив документов;
- корпоративный форум;
- различные справочники организации;
- модуль администрирования всей системы.
В свою очередь модуль согласования электронных документов предназначен для выполнения следующих задач:
- создания электронных документов по принятым в организации шаблонам;
- создание маршрута прохождения электронного документа;
- согласования электронных документов всеми заинтересованными лицами, которые участвуют в согласовании;
- перераспределение полномочий одного сотрудника компании другому;
- утверждение документа;
- хранение резолюций всех лиц, которые согласовывали документ;
- согласования в закрытом режиме.
Модуль обработки исходящей и входящей корреспонденции выполняет следующие операции:
- регистрацию исходящей и входящей электронной документации;
- классификацию всей корреспонденции;
- установка контроля;
- выдачу поручений по исходящим и входящим электронным документам;
- ведение подробной переписки;
- направление входящего электронного документа по уже созданным или новым маршрутам движения документа;
- хранение всех связей между исходящими и входящими документами в электронных архивах;
- контроль прохождения электронных документов по созданным маршрутам;
- заполнение журналов в электронных версиях документов организации.
Электронный архив в системе электронного документооборота создан для хранения информационных продуктов, подробного поиска, выбор копий нужных материалов и точного восстановления удалённых или ошибочно утраченных документов.
Модуль контроля и выдачи поручений выполняет следующие операции:
- размещает в системе поручения, данные подразделения в распорядительных электронных документах организации, протоколах совещаний;
- отправляет поручения сотрудникам от руководителя компании, его помощника, а также обеспечивает контроль по срокам выполнения поручений;
- ведет электронные архивы документации организации.
Модуль администрирования выполняет следующие задачи:
- ограничение прав доступа сотрудников организации;
- проверка всех действий пользователя.
Системы электронного документооборота, которые реализуют вышеописанная структура, формирует новое поколение систем автоматизации организаций.