При использовании системы электронного документооборота на одном из важнейших мест стоит 
защита информации. Для достижения этой цели используется целый комплекс программно-технических и организационных мер.
Программно-технические меры защиты информации состоят в использовании сертифицированных средств криптографической защиты данных и регулирования организации процессов электронных архивов, то есть в автоматизации выполнения принципов электронного документооборота, что позволяет дать гарантию не только конфиденциальности переписки всех сторон системы, но и в разрешение всевозможных конфликтных ситуаций, которые могут возникнуть.
Поэтому в СЭД должна быть применена технология, которая могла бы обеспечить:
- конфиденциальность содержания данных электронных документов, которые когда-либо циркулировали в системе, от бесправного просмотра третьими лицами;
- точную идентификацию отправителя электронного документа;
- полную защиту электронных архивов от противоправных исправлений;
- своевременное и корректное разрешение конфликтных ситуаций.
Регламент в СЭД - это средство, которое защитит каждого ее участника от недобросовестных или ошибочных действий других партнеров или же воздействий из внешнего мира.
Если конфликтная ситуация все же возникает и она связана с тем, что стороны системы электронного документооборота, например: налогоплательщик или налоговая инспекция, по-разному излагают содержимое одного и того же электронного документа, создается комиссия для разрешения спорной ситуации. Комиссия основывается на созданных копиях электронного архива, подписанных с обеих сторон. Она организует экспертизу, по основаниям которой провозглашается решение о корректности электронной цифровой подписи каждой из сторон в документе.
В случае возникновении конфликтной ситуации, которая непременно связанна с тем, что каждая из сторон по своему трактуют отрезок времени и дату прибытия электронного документа от отправителя к получателю, решение об установке истинной даты поступления документа в систему выносится на основании архивных файлов и подтверждения оператора. Подписываются такие решения конфликтных ситуаций электронной цифровой подписью, как оператора, так и обеих конфликтующих сторон.